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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Gado de Leite. Para informações adicionais entre em contato com cnpgl.biblioteca@embrapa.br. |
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Gado de Leite. |
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Data corrente: |
28/11/2014 |
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Data da última atualização: |
05/02/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
O'BRIEN, A. M. P.; MÉSZÁROS, G.; UTSUNOMIYA, Y. T.; SONSTEGARD, T. S.; GARCIA, J. F.; TASSEL, C. P. V.; CARVALHEIRO, R.; SILVA, M. V. G. B.; SÖLKNER, J. |
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Afiliação: |
ANA M. PÉREZ O'BRIEN, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; GÁBOR MÉSZÁROS, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna; YURI T. UTSUNOMIYA, UNESP; TAD S. SONSTEGARD, ARS-USDA, USA; JOSÉ F. GARCIA, UNESP; CURTIS P. VAN TASSEL, ARS-USDA, USA; ROBERTO CARVALHEIRO, GenSys Consultores Associados; MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; JOHANN SÖLKNER, University of Natural Resources and Life Sciences, Vienna. |
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Título: |
Linkage disequilibrium levels in Bos indicus and Bos taurus cattle using medium and high density SNP chip data and different minor allele frequency distributions. |
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Ano de publicação: |
2014 |
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Fonte/Imprenta: |
Livestock Science, v. 166, p. 121-132, 2014. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Linkage disequilibrium (LD), the observed correlation between alleles at different loci in the genome, is a determinant parameter in many applications of molecular genetics. With the wider use of genomic technologies in animal breeding and animal genetics, it is worthwhile revising and improving the current knowledge and understanding of cattle LD. This study analyzes levels of LD assessed through the r2 measurement in seven breeds of cattle from both indicine (Bos indicus) and taurine (Bos taurus) (sub)species, genotyped with a high density panel (HD) of over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Average levels of LD were assessed for inter-marker distances from 0 kb up to 10 Mb. Two more SNP panels were built in silico from the original genotypes to represent a lower density SNP chip including approximately 50,000 SNPs (50K) and a panel of 249,000 SNPs chosen to comply with specific minor allele frequency (MAF) distributions. The results show higher levels of LD than previously reported, especially at short inter-marker distances of less than 20 kb, assessed through the use of the higher density panel. Negligible impact of MAF changes in the estimation of r2 was observed, supporting the use of the HD panel for LD-based methodologies even when ascertainment bias in the choice of SNPs is suspected. The 50K SNP panel indicated lower levels of LD in the first 100 kb and highly unreliable LD estimates for distances shorter than 50 kb. Overall, lower levels of LD were observed for all indicine breeds as compared to taurine breeds, with larger differences assessed in the first 100 kb, suggesting the need for use of higher SNP densities in this (sub)species when applying LD-dependent methods, as compared to most taurine breeds. MenosLinkage disequilibrium (LD), the observed correlation between alleles at different loci in the genome, is a determinant parameter in many applications of molecular genetics. With the wider use of genomic technologies in animal breeding and animal genetics, it is worthwhile revising and improving the current knowledge and understanding of cattle LD. This study analyzes levels of LD assessed through the r2 measurement in seven breeds of cattle from both indicine (Bos indicus) and taurine (Bos taurus) (sub)species, genotyped with a high density panel (HD) of over 777,000 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Average levels of LD were assessed for inter-marker distances from 0 kb up to 10 Mb. Two more SNP panels were built in silico from the original genotypes to represent a lower density SNP chip including approximately 50,000 SNPs (50K) and a panel of 249,000 SNPs chosen to comply with specific minor allele frequency (MAF) distributions. The results show higher levels of LD than previously reported, especially at short inter-marker distances of less than 20 kb, assessed through the use of the higher density panel. Negligible impact of MAF changes in the estimation of r2 was observed, supporting the use of the HD panel for LD-based methodologies even when ascertainment bias in the choice of SNPs is suspected. The 50K SNP panel indicated lower levels of LD in the first 100 kb and highly unreliable LD estimates for distances shorter than 50 kb. Overall, lower levels of LD... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Indicine; Minor allele frequency. |
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Thesaurus Nal: |
cattle; linkage disequilibrium; taurine. |
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Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Gado de Leite (CNPGL) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
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Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
18/02/2022 |
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Data da última atualização: |
24/04/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LUZ, K. W. da; RAMOS JUNIOR, E. U.; FALEIRO, V. de O.; KONZEN, L. M.; SILVA, T. A. A. da; FURTINI, I. V.; TARDIN, F. D. |
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Afiliação: |
KELLY WALÉRIA DA LUZ, UFMT, Sinop-MT; EDISON ULISSES RAMOS JUNIOR, CNPSO; VALERIA DE OLIVEIRA FALEIRO, CPAMT; LUANA MANOELA KONZEN, UFMT, Sinop-MT; THALIA APARECIDA ANDRADE DA SILVA, UFMT, Sinop-MT; ISABELA VOLPI FURTINI, CNPAF; FLAVIO DESSAUNE TARDIN, CNPMS. |
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Título: |
População de Helicotylenchus dihystera e produtividade de soja em sucessão ao milho consorciado com diferentes densidades de crotalárias. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
In: ENCONTRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIAS AGROSSUSTENTÁVEIS, 2.; JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 7., 2018. Sinop, MT. Resumos... Sinop, MT: Embrapa Agrossilpastoril, 2018. p. 40-43. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
A soja é uma das principais culturas agrícolas do mundo e, devido a sua capacidade produtiva, composição química e valor nutritivo, que propicia diversas utilizações na alimentação humana e animal, tendo assim um importante papel socioeconômico (Mauad et al., 2011). O estado de Mato Grosso é o principal produtor da oleaginosa, entretanto, seus produtores vêm enfrentando problemas com diversos tipos de nematoides, que muitas vezes passa despercebido, causando, porém, reduções significativas de produtividade. Conhecido por nematoide espiralado ou Helicotylenchus dihystera, esse nematoide ataca a cultura da soja e, nos últimos anos, tem causado preocupação aos especialistas, visto que tem sido relatado em altas populações em diversas lavouras. De acordo com Kirsch (2016), essa espécie de nematoide, quando sozinho, não causa danos às culturas, porém se forem encontrados junto a outras espécies, como a de Pratylenchus brachyurus, por exemplo, causam declínio do sistema radicular das plantas, reduzindo muitas vezes a produtividade de grãos. Umas das alternativas encontradas para se utilizar plantas que favoreçam a redução da população de nematoides e, ao mesmo tempo, melhorem as características químicas, físicas e biológicas do solo, é o de se realizar o consórcio de crotalárias com o milho na safrinha. As crotalárias, além de favorecerem na redução das populações de nematoides para a safra principal, ainda geram aporte de nitrogênio e diversificam o sistema, favorecendo a sustentabilidade e a estabilidade produtiva. Sendo assim, o presente trabalho teve por objetivo avaliar a produtividade da soja na safra 2016/2017, em função das populações de nematoide espiralado presentes na área, quando em sucessão ao milho consorciado, com diferentes densidades de duas crotalárias na safrinha antecessora. MenosA soja é uma das principais culturas agrícolas do mundo e, devido a sua capacidade produtiva, composição química e valor nutritivo, que propicia diversas utilizações na alimentação humana e animal, tendo assim um importante papel socioeconômico (Mauad et al., 2011). O estado de Mato Grosso é o principal produtor da oleaginosa, entretanto, seus produtores vêm enfrentando problemas com diversos tipos de nematoides, que muitas vezes passa despercebido, causando, porém, reduções significativas de produtividade. Conhecido por nematoide espiralado ou Helicotylenchus dihystera, esse nematoide ataca a cultura da soja e, nos últimos anos, tem causado preocupação aos especialistas, visto que tem sido relatado em altas populações em diversas lavouras. De acordo com Kirsch (2016), essa espécie de nematoide, quando sozinho, não causa danos às culturas, porém se forem encontrados junto a outras espécies, como a de Pratylenchus brachyurus, por exemplo, causam declínio do sistema radicular das plantas, reduzindo muitas vezes a produtividade de grãos. Umas das alternativas encontradas para se utilizar plantas que favoreçam a redução da população de nematoides e, ao mesmo tempo, melhorem as características químicas, físicas e biológicas do solo, é o de se realizar o consórcio de crotalárias com o milho na safrinha. As crotalárias, além de favorecerem na redução das populações de nematoides para a safra principal, ainda geram aporte de nitrogênio e diversificam o sistema, favorecendo a sustent... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Sinop-MT. |
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Thesagro: |
Crotalária; Densidade de Plantio; Helicotylenchus Dihystera; Milho; Nematóide; Pratylenchus Brachyurus; Produtividade; Safrinha; Soja. |
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Categoria do assunto: |
F Plantas e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/231443/1/2018-cpamt-vfo-populacao-helicotylenchus-dihystera-produtividade-soja-sucessao-milho-consorciado-diferentes-densidades-crotalaria-p-40-43.pdf
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Marc: |
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245 $aPopulação de Helicotylenchus dihystera e produtividade de soja em sucessão ao milho consorciado com diferentes densidades de crotalárias.$h[electronic resource]
260 $aIn: ENCONTRO DE CIÊNCIA E TECNOLOGIAS AGROSSUSTENTÁVEIS, 2.; JORNADA CIENTÍFICA DA EMBRAPA AGROSSILVIPASTORIL, 7., 2018. Sinop, MT. Resumos... Sinop, MT: Embrapa Agrossilpastoril, 2018. p. 40-43.$c2018
520 $aA soja é uma das principais culturas agrícolas do mundo e, devido a sua capacidade produtiva, composição química e valor nutritivo, que propicia diversas utilizações na alimentação humana e animal, tendo assim um importante papel socioeconômico (Mauad et al., 2011). O estado de Mato Grosso é o principal produtor da oleaginosa, entretanto, seus produtores vêm enfrentando problemas com diversos tipos de nematoides, que muitas vezes passa despercebido, causando, porém, reduções significativas de produtividade. Conhecido por nematoide espiralado ou Helicotylenchus dihystera, esse nematoide ataca a cultura da soja e, nos últimos anos, tem causado preocupação aos especialistas, visto que tem sido relatado em altas populações em diversas lavouras. De acordo com Kirsch (2016), essa espécie de nematoide, quando sozinho, não causa danos às culturas, porém se forem encontrados junto a outras espécies, como a de Pratylenchus brachyurus, por exemplo, causam declínio do sistema radicular das plantas, reduzindo muitas vezes a produtividade de grãos. Umas das alternativas encontradas para se utilizar plantas que favoreçam a redução da população de nematoides e, ao mesmo tempo, melhorem as características químicas, físicas e biológicas do solo, é o de se realizar o consórcio de crotalárias com o milho na safrinha. As crotalárias, além de favorecerem na redução das populações de nematoides para a safra principal, ainda geram aporte de nitrogênio e diversificam o sistema, favorecendo a sustentabilidade e a estabilidade produtiva. Sendo assim, o presente trabalho teve por objetivo avaliar a produtividade da soja na safra 2016/2017, em função das populações de nematoide espiralado presentes na área, quando em sucessão ao milho consorciado, com diferentes densidades de duas crotalárias na safrinha antecessora.
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Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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